قبل از تأسیس دانشکده الهیات و معارف اسلامی در دانشگاه جندی شاپور، مرکز مطالعات اسلامی تأسیس شد که تقریباً زمان آن به دو سال پیش از پیروزی انقلاب شکوهمند اسلامی برمی‌گردد. مسئول این مرکز مرحوم سید رضا دیباجی بود. یک سال بعد مسئولان وقت دانشگاه جندی­شاپور به فکر تأسیس دانشکدة الهیات افتادند که برای این امر افراد فرهیخته‌ای را از اصفهان، آبادان، اهواز و اراک به عنوان اعضای هیأت علمی به همکاری دعوت کردند. سرپرستی دانشکده به مرحوم سید رضا دیباجی واگذار گردید و با تأسیس دانشکدة الهیات مرکز مطالعات اسلامی تعطیل گردید.

در مهرماه ۱۳۵۷، حدود چهار ماه و نیم مانده به پیروزی انقلاب اسلامی، اوّلین دوره پذیرش دانشجو به طور نیمه متمرکز در این دانشکده به انجام رسید. در این هنگام محّل دانشکده در معاونت دانشجویی قرار داشت و امکانات آموزشی و پژوهشی آن را مجموعاً دو اتاق و یک زیرزمین تشکیل می­داد که از زیرزمین به سبب وسعت مناسب آن برای کلاس و از اتاق­ها برای اعضای هیئت علمی و کارکنان اداری استفاده می­شد.

پس از پیروزی انقلاب، گروه زبان و ادبیات عربی که یکی از گروه‌های دانشکده ادبیات و علوم  انسانی بود به دانشکده الهیات انتقال یافت و در سال ۱۳۶۲ مجوز موافقت اصولی مبنی بر ادامه فعالیت­های آموزشی- پژوهشی دانشکده از طرف وزارت علوم آن زمان برای دانشکده صادر شد. در آن ایّام دانشکده الهیات شامل گروه­های آموزشی زبان و ادبیات عربی، دبیری الهیات و الهیات آزاد بود.

فعالیت­های آموزشی دانشکده الهیات نیز مانند دیگر مراکز دانشگاهی در جریان انقلاب فرهنگی  مشمول دوره تعطیل موقت شد.

با شروع جنگ تحمیلی و شرکت دانشجویان رزمنده در جنگ، دانشکده الهیات اوّلین شهید دانشجو مرحوم شهید حبیب شریفی راد را تقدیم اسلام و انقلاب اسلامی نمود و پس از این شهید تعداد دیگری از دانشجویان رزمنده این دانشکده به درجه شهادت نائل آمدند.

دانشکده الهیات پس از بازگشایی دانشگاه، فعالیت آموزشی و پژوهشی خود را از سر گرفت و با وجود جنگ در منطقه با اتکال بر پروردگار توانا، توانست فارغ التحصیلانی را در مقطع کارشناسی تحویل جامعه اسلامی نماید که تعدادی از این عزیزان هم اکنون با داشتن مدرک دکترا در این دانشکده به عنوان عضو هیئت علمی مشغول کار می­باشند و تعداد زیادی در دانشگاه­های دیگر و یا در سمت­های آموزشی-پژوهشی و اجرایی به انجام وظیفه مشغول­اند.